Pada tahun 1954 di Provinsi Sulawesi Tengah dibangun sebuah Lapangan Terbang oleh Pemda dan Dinas Pekerjaan Umum seksi Donggala dan diberi nama “MASOWU” yang dalam bahasa daerah setempat (Suku Kaili) berarti Berdebu. Hal ini sesuai dengan kondisi sekitar lapangan terbang yang menimbulkan debu beterbangan pada saat didarati oleh pesawat.
Nama lapangan terbang MASOWU ini hanya dipakai dalam kurun waktu kurang lebih 2 (dua) tahun yaitu 1954-1957. Pada tahun 1957 lapangan terbang ini secara resmi beroperasi. Oleh presiden Republik Indonesia yang Pertama, Bapak Ir. Soekarno diberi nama Lapangan Terbang “MUTIARA”.
Pada tahun 2014, Bandar Udara terbersar di Sulawesi Tengah ini resmi berganti nama dari sebelumnya Bandar Udara MUTIARA di tambahkan menjadi Bandar Udara MUTIARA SIS AL-JUFRI PALU sesuai dengan SK Menteri Perhubungan Nomor KP 178 tahun 2014. Nama Sis Al-Jufri diambil dari nama seorang tokoh besar di Sulawesi Tengah yang berperan dalam pencerdasan masyarakat melalui dakwah dan pendidikan. Sis Al-Jufri juga merupakan seorang tokoh yang konsisten menentang penjajahan di Indonesia.
Bandara ini juga sempat beberapa kali berpindah tangan, yakni dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Donggala (1963), sebelum akhirnya diserahterimakan pengelolaan dan pengawasannya kepada Departemen Perhubungan Udara/Direktorat Penerbangan Sipil dan Kepala Pelabuhan Udara Mutiara (28 Oktober 1964).
Sesuai Surat Edaran Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perhubungan Udara IV No. SE129/Ot.103/Wp.IV-85 Tanggal 30 Agustus 1985, terhitung 1 September 1985.
Sesuai Surat Keputusan Menteri Perhubungan No. KM 4 Tahun 1995 tentang Penetapan Kelas Bandar Udara di Lingkungan Direktorat Jenderal Perhubungan Udara.
Sesuai Surat Keputusan Menteri Perhubungan No. KM 7 Tahun 2008 tanggal 12 Februari 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bandar Udara.
Sesuai Keputusan Menteri Perhubungan No. KP 178 tahun 2014 Tanggal 28 Februari tahun 2014 tentang Perubahan nama Bandar Udara Mutiara Palu menjadi Bandar Udara Mutiara Sis Al-Jufri Palu.
Sesuai Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia No. 273/KMK.05/2017 tanggal 13 Maret 2017 tentang Penetapan UPBU Mutiara Sis Al-Jufri sebagai Satker BLU.
Sesuai Keputusan Menteri Perhubungan Nomor KM 37 dan KM 38 Tahun 2025 tanggal 12 Agustus 2025 tentang penetapan 36 (tiga puluh enam) bandar udara umum, 3 (tiga) bandar udara khusus, serta 1 (satu) bandar udara yang dikelola Pemerintah Daerah sebagai bandar udara internasional.
